RS Mardi Rahayu Pada awal tahun 1960an, ketika sarana dan fasilitas maupun tenaga kesehatan di Kudus dan sekitarnya masih sangat minim dan jauh dari memadai. Beberapa aktivis dan tokoh GKMI Kudus Rayon I seperti Liem Wie Tan/Daud Darmawan Karunia, Lie Tjwan Tjioe, LieDjieIe, Kwik Tjhiang Ien/Indarto Kirana, Pdt. Sudarsohadi dan beberapa orang lainnya, terinspirasi kisah “Orang Samaria yang Murah Hati”, terpanggil dan terbeban untuk menolong sesama, khususnya di bidang kesehatan. Mereka kemudian menghubungi Yayasan Kesehatan Kristen Sekitar Muria/YKKSM, pengelola RS Kristen Tayu. YKKSM bersedia membantu, disetujui untuk mendirikan YKKSM Cabang Kudus yang akan mengelola sebuah Balai Pengobatan yang bekerja secara otonom, terpisah dari induknya. Lokasi yang dipilih untuk Balai Pengobatan tersebut adalah sebuah bangunan yang terletak di sebelah selatan gedung gereja GKMI Kudus saat ini, tepatnya di Jl. KH Wahid Hasyim 76-78 Kudus. Tanggal 10 Juni 1964 Balai Pengobatan tersebut resmi dibuka. Dalam perkembangannya, diputuskan bahwa sudah saatnya Yayasan berdiri sendiri. Melalui Akta Notaris RM Poerbokoesoemo Wakil Notaris dari Kantor Notaris Ny. Widarso, SH Kudus tanggal 16 Nopember 1967 berdirilah Yayasan Kesehatan Kristen YKK Kudus. Balai Pengobatan makin berkembang dan didorong oleh visi yang kuat maka mulai direncanakan untuk mendirikan sebuah rumah sakit. Sebagai langkah awal dibelilah sebidang tanah di Desa Jati Wetan, Kudus yang kemudian diatasnya dibangun sebuah rumah sakit sederhana, hanya melayani pasien rawat inap untuk ibu melahirkan dan anak-anak dengan kapasitas 25 tempat tidur. Peresmian Rumah Sakit ini dilakukan pada tanggal 29 Januari dengan nama RS Mardi Rahayu. “Mardi” artinya tempat berusaha, berupaya, sedangkan “Rahayu” artinya selamat/sejahtera. Jadi “Mardi Rahayu” berarti suatu tempat untuk mengusahakan keselamatan/kesejahteraan. Sejak itulah tanggal 29 Januari di peringati sebagai tanggal HUT RS Mardi Rahayu. Tahun 1974 bangunan RS diperluas menjadi 100 tempat tidur dan secara resmi menjadi Rumah Sakit Umum. Peresmian gedung baru ini dilakukan pada tanggal 17 Desember 1974. Sejak itu dilakukan berbagai pembangunan sarana dan prasarana RS secara bertahap sehingga saat ini kapasitas RS untuk pelayanan rawat inap mencapai 345 tempat tidur. Merujuk PP nomor47 tahun 2021 tentang Penyelenggaraan Bidang Perumahsakitan maka RS Mardi Rahayu melakukan perubahan menjadi 249 tempat tidur. Sehubungan terbitnya Undang-Undang nomor 16 tahun 2001 tentang “Yayasan” dan Undang-Undang nomor 28 tahun 2004 tentang “Perubahan atas UU No. 16 tahun 2001” maka Pengurus YKK Kudus dan Majelis Jemaat GKMI Kudus telah melakukan penyesuaian Anggaran Dasar YKK Kudus dan mendaftarkan YKK Kudus dengan nama baru “Yayasan Kristen Kesejahteraan Mardi Rahayu YKKMR” pada Departemen Hukum dan Hak Asasi Manusia RI dan telah dicatat dalam daftar Yayasan pada tanggal 28 September 2007.